104年杜鵑颱風造成雲林縣農作物災損，經縣府邀集農糧署、農改場及公所勘災完成後向中央極力爭取補助，農委會已同意專案補助，補助項目如下，受害達20%以上即可申請，農民可依據公所的公告申請補助。
雲林縣政府農業處彙整各鄉鎮市公所查報農作物災損資料後，10月2日邀集農糧署及台南區農業改良場，組成勘災小組勘查杜鵑颱風造成的農業災情，經縣府極力向農委會申請，於10月16日獲得農委會同意辦理專案補助。
目前經農委會核定本縣專案補助的作物別及每公頃補助額度如下：
一、水平棚架網室塑膠布（網）(12,000元)：林內鄉、莿桐鄉、斗南鎮。
二、木瓜(60,000元)：林內鄉。
三、胡蘿蔔(28,800元)：東勢鄉、四湖鄉、元長鄉、褒忠鄉、麥寮鄉。
四、香蕉(60,000元)：林內鄉。
五、毛豆(19,200元)：褒忠鄉、東勢鄉、元長鄉。
六、大豆(19,200元)：四湖鄉、東勢鄉、褒忠鄉、麥寮鄉、水林鄉、元長鄉、虎尾鎮。
七、青割玉米(8,560元)：水林鄉、東勢鄉、口湖鄉、麥寮鄉、四湖鄉、元長鄉、臺西鄉。
八、硬質玉米(12,800元)：水林鄉、口湖鄉、臺西鄉、麥寮鄉、四湖鄉、褒忠鄉、元長鄉。
九、食用玉米(28,800元)：元長鄉、虎尾鎮、褒忠鄉、東勢鄉、口湖鄉、臺西鄉、莿桐鄉、林內鄉、水林鄉、北港鎮、麥寮鄉、斗六市、斗南鎮、崙背鄉、大埤鄉、四湖鄉。
十、二期水稻(14,400元)：莿桐鄉、林內鄉、斗六市、斗南鎮、崙背鄉、大埤鄉、北港鎮、二崙鄉、口湖鄉、麥寮鄉、虎尾鎮、水林鄉、褒忠鄉、元長鄉、土庫鎮、四湖鄉。
農委會指出，本次專案補助額度以「農業天然災害現金救助項目及額度」所定救助額度的80%為標準，其申請專案補助項目損失率達20%以上者，依上述的標準補助，未達20%者不予補助。
農業處長張世忠表示，請受災農民儘速於10月17日起10日內(例假日照常受理)持身分證、印章、農會存款簿及土地所有權狀或土地使用同意書等相關文件，向土地所在地之鄉鎮市公所提出申報。