依法辦理自治事項，執行上級機關委辦事項及其他機關委託事項。
本府置縣長一人，對外代表雲林縣，綜理縣政，指揮監督所屬機關及員工，並指導監督鄉（鎮、市）自治事項。置副縣長一人，襄助縣長處理縣政。
本府置秘書長一人，為幕僚長，承縣長之命，處理縣政。置參議七人、消費者保護官、秘書，受秘書長之指揮、監督，分別掌理縣政設計、法案審核、消費爭議調解、機要、協調、核稿等事項。