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組織架構-本府置縣長.副縣長.秘書長各一人並置參議.秘書,擁有18個處.20個鄉鎮公所.20個鄉鎮市民代表會.所屬一級機關.所屬二級機關及學校縣長 副縣長 秘書長 政風處(另開視窗) 主計處(另開視窗) 人事處(另開視窗) 計畫處(另開視窗) 行政處(另開視窗) 水利處(另開視窗) 文化觀光處(另開視窗) 新聞處(另開視窗) 地政處(另開視窗) 城鄉發展處(另開視窗) 勞工處(另開視窗) 農業處(另開視窗) 社會處(另開視窗) 教育處(另開視窗) 工務處(另開視窗) 建設處(另開視窗) 財政處(另開視窗) 民政處(另開視窗) 斗六分局(另開視窗) 虎尾分局(另開視窗) 北港分局(另開視窗) 西螺分局(另開視窗) 斗南分局(另開視窗) 台西分局(另開視窗) 稅務局-北港分局(另開視窗) 稅務局-虎尾分局(另開視窗) 慢性病防治所(另開視窗) 戶政事務所(另開視窗) 地政事務所(另開視窗) 家庭教育中心(另開視窗) 環境保護局(另開視窗) 衛生局(另開視窗) 稅務局(另開視窗) 消防局(另開視窗) 警察局(另開視窗) 採購中心(另開視窗) 體育場(另開視窗) 動植物防疫所(另開視窗)

依法辦理自治事項,執行上級機關委辦事項及其他機關委託事項。

本府置縣長一人,對外代表雲林縣,綜理縣政,指揮監督所屬機關及員工,並指導監督鄉(鎮、市)自治事項。置副縣長一人,襄助縣長處理縣政。

本府置秘書長一人,為幕僚長,承縣長之命,處理縣政。置參議七人、消費者保護官、秘書,受秘書長之指揮、監督,分別掌理縣政設計、法案審核、消費爭議調解、機要、協調、核稿等事項。